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[AMBER] calcul de l'énergie de liaison pour lectine et fucuse .. De. Sushil Mishra date. Ven 10 Jul 2009 19:26:20 +0100 Bonjour à tous d'abord je remercie chacun pour le partage des connaissances. Je suis nouveau à l'ambre et je veux apprendre de vous tous. i suis face à problème de 2 dernières semaines et je me sers de ce que ma dernière arme pour aver venir de lui. S'il vous plaît me suggérer quelque chose à surmonter de lui. Je veux calculer l'énergie libre de liaison de l'alpha - L Methyl fucose avec des lectines. J'ai essayé de réaliser dans l'ambre. jachère la même procédure donne en ambre tutoriel (Didacticiel 2:. En utilisant des simulations de dynamique pour estimer energetique de liaison (* Débutant *)). Dans le tutoriel qu'ils obtiennent l'énergie de liaison par simple équation BE = Ecomplex - Eprotein - Epeptide. Mais malheureusement pour mon cas je reçois l'énergie libre de fringales très différent. il est en + ve. Je PDB de mon lectine et fucose qui i montrant -9,5 Kcal / mol énergie libre de liaison dans le CCI et expériences SPR. Je reçois la EPTOP comme jachères Ecomplex = - 5164 Eprotein = - 5248 Epeptide = + 74 donc ce qui peut être un problème. Paramètre choisi par moi était - MD Production cntrl imin = 0, IREST = 1, NTX = 5, nstlim = 2000, dt = 0,001, ntc = 1, NTPR = 20, ntwx = 20, coupé = 16, ntb = 0, igb = 1, intdiel = 4 , ntt = 3, gamma_ln = 1,0, tempi = 300,0, temp0 = 300,0, / A V E R A G E S O V E R 2000 S T E P S (lorsque vous faites MD de méthyle fucuse séparement) Nstep = 2000 TIME (PS) = 4.500 TEMP (K) = 289,64 PRESS = 0.0 Etot = 59,8704 EKtot = 22,4469 EPtot = 37,4236 BOND = 9,2444 ANGLE = 11,5774 DIHED = 1,5039 1-4 NB = 4,2159 1-4 EEL = 43,5038 VDWAALS = -1,1770 EELEC = -22,5976 EGB = -8,8472 RETENUE = 0.0000 s'il vous plaît me suggérer ce que le problème et l'énergie pour fucose de méthyle est positif. Comment puis-je venir sur de lui. Je demande à tous les membres s'il vous plaît aidez-moi à me and..suggest comment puis-je calculer l'énergie libre de fringales. sincèrement Sushil Mishra _______________________________________________ AMBER liste de diffusion AMBER. ambermd. org lists. ambermd. org/mailman/listinfo/amber Reçu le Sam 11 juillet 2009 - 01:07:56 PDT